每當月經來潮，流浪的內膜組織也開始脫落出血，就會引起疼痛，這屬于繼發性痛經的一種類型。如果內膜組織正好流浪到神經上面，這種疼痛更加明顯。嚴重的情況下，非經期就會有下腹痛。
如果盆腔中有較多的流浪內膜組織，可能會形成較明顯的粘連，一旦發生性生活，就可能出現下腹痛，稱為性交痛。
粘連明顯的話，還會連累到輸卵管，導致輸卵管扭曲不通；如果卵巢表面形成粘連，可能排不出卵子；巧克力囊腫也會破壞卵巢功能；同時流浪的內膜組織還會產生很多炎性因子，這些都是會影響到懷孕的，導致不孕或者宮外孕。
所以，痛經、性交痛和不孕是盆腔子宮內膜異位癥的三大主要癥狀。